„Windows ME“ yra „Windows 9x“ naujinimas ir dauguma „Windows 95“ ir „Windows 98“ programinės įrangos veikia su „Windows ME“. Mes sakome „daugumą“, nes programinė įranga, pvz., Antivirusinė programa ar bet kuri kita „Windows 9x“ skirta programa, neveiks (arba neveiks) „Windows ME“. „Windows ME“ failų struktūra ir konfigūracijos failai šiek tiek pasikeitė. Tačiau „Windows ME“ veiks žaidimus, programas ir kitą programinę įrangą. Jei programinė įranga neveikia, ji turėtų turėti atnaujinimą, leidžiantį dirbti.